- 水质问题：重庆周边龙虾养殖基地通常位于水体中，水质问题是影响养殖质量的关键因素。
- 水资源限制：重庆水资源有限，用于养殖的用水量有限，这会影响养殖规模和产量。
- 水污染：水污染是水质问题的重要来源，来自农业废弃物、工业废弃物和生活污水。
- 气候变化：重庆气候变化导致水温波动，这会影响龙虾生长和健康。
- 生物入侵：水中的生物入侵，如水母、水草等，会对龙虾生长造成负面影响。
- 水产物管理：水产物管理是确保水资源可持续性的关键因素，但目前重庆水产物管理缺乏完善。
除了这些主要挑战，重庆周边龙虾养殖基地还需要面对其他挑战，如市场竞争、成本控制、技术创新等。
