水培环境的特殊性
水培蔬菜不仅需要适宜的温度和光照，还要求水质要保持清澈透明，否则会影响植物生长。家中通常无法提供这样的条件，因为市面上的大多数水都是含有杂质、药物残留或其他污染物，这些都会对蔬菜的安全性造成威胁。除此之外，水中的微生物也可能对植物造成伤害。此外，家用管道中可能存在细菌滋生的隐患，对健康危险。
蔬菜品种选择限制
不同类型的蔬菜对于土壤或水体需求不同，一些耐盐分、高温等恶劣条件下的花卉和蔬菜，如芹绿、菠萝蜜、西红柿等，在家庭环境下可以进行室内养殖。但是，大部分常见的食用蔬菜如番茄、胡萝卜、大蒜等都需要土壤作为根系吸收营养的地方，因此在家庭内部难以实现良好的生长环境。
易受疾病侵袭
在自然界中，植物受到病虫害侵扰时，可以通过自身免疫力或者自然界中的生物控制来抵抗，但是在人为创造出来的人工系统（如家庭）内，这种自我保护机制往往被削弱，使得一旦出现问题，比如细菌感染或真菌病变，就很难有效地防治，从而导致大量损失。
维护成本较高
家庭内部进行大规模水培也需要相应的地球泵、滤网系统以及专用的肥料和农药管理设备。这意味着额外增加了维护费用，并且这些设备如果不恰当使用，将会进一步加剧生态平衡的问题。在城市居住空间有限的情况下，加上维护成本，这样的项目显然是不切实际也不经济。
社区政策支持不足
目前国家对于室内农业还未形成完整的法规体系，即便是在一些先进城市，也缺乏完善的心理健康教育和社区支持制度。如果没有足够强烈的情感支撑以及可行性的技术支持，不利于推广这种方式，使其成为一种不可持续发展的事业。
