在羊场中，建立一个切实可行的消毒制度至关重要。每个月，我们应该定期对羊舍、包括用具在地面、土壤、粪便、污水和皮毛等进行深入的消毒。首先要确保羊舍保持干燥、通风，同时在冬季暖和，在夏季凉爽，这是保证羊群健康生活环境的基础。
我们通常会分两个步骤来进行消毒。一开始，我们会通过机械清扫来去除地面上的杂物，然后使用专用的消毒液对所有表面进行彻底清洁。在平时，每周至少进行一次全面的消毒，对整个羊舍使用2-4%氢氧化钠溶液或1:1800-3000比例的百毒杀解决方案。
对于进入羊场的人员，我们需要设立一个专门的消毒室。在这个房间里，墙壁和顶部安装紫外线灯，而地面则设置有浸泡了4%氢氧化钠溶液的大麻袋或草垫。每个人进出都必须穿上专用工作服，并且更换鞋子，还要做好登记。此外，车辆进入大门时也需要经过喷洒4%氢氧化钠溶液或3%过氧乙酸等药剂的消毒池。
我们的主要目的是将这些药剂均匀地涂抹到天花板、墙壁和地面上，然后打开窗户以通风，并使用清水冲洗饲料容器及其他设备，以去除任何残留的药味。如果空间密闭且没有羊羔，我们可以关闭门窗，将福尔马林熏蒸12-24小时后再打开窗户通风24小时。福尔马林所需量为每立方米空间25-50毫升，加同量水加热蒸发。
一般情况下，每周都会有一次小规模的日常清洁，每年还会有两次大型全面清洁。在产房中，特别是在产羔前后以及高峰期间，都需要多次细致处理；而病害严重或者隔离区，则应放置浸有4%氢氧化钠溶液的大麻袋或草垫，以防止病菌扩散。
对于土壤表层，可以使用10%漂白粉溶液、4%福尔马林或者10%氢氧化钠溶液进行处理。而那些曾经接触过芽胞杆菌导致传染病（如炭疽）的动物尸体存放地点，更是需要格外注意，用以上提到的漂白粉解决方案彻底净化该区域，并妥善处理并掩埋其表土以防传播病源。
至于粪便，它们可以通过生物热法来实现有效处理。这意味着将这些粪便堆积起来，在100米到200米以外的地方，让它们自然发酵30天以上之后，再作为肥料重新利用。这不仅能减少污染，还能节约资源，为农田带来营养价值。
最后，对于排出的污水，最简单有效的手段之一就是引流到一个独立的小池塘中，然后加入适量化学药品，如漂白粉或其他含氯制剂，以达到一定标准后的再次利用，或直接倒入雨沟排放。不过，无论哪种方法，一般来说每升污水都应加入2-5克漂白粉，这样就可以确保其得到充分的地理隔离，不影响环境卫生，同时避免任何潜在危险因素从它身上蔓延出去。
