木耳遭遇流耳病时，其受害部分初期呈浅咖啡色，表面黏稠，散发出浓重的腥味，最终导致整个木耳丛的腐烂。从病因分析，流耳是由多种微生物如线虫、细菌和原生动物共同作用引起，其中线虫为主要诱发者。要有效防治流耳，可以采取以下措施：首先，在温度上升时应及时降低环境温度，通过挂设湿帘或喷水降温，并在夜间开启窗户进行通风，以维持温度在30摄氏度以内。在这样的条件下，不仅能促进木耳的健康生长，还能抑制线虫的繁殖。但当温度超越30摄氏度时，线虫会加速繁殖，从而增加流耳发生的风险。
其次，要确保 耳棚场地具有一定的坡度，并且使用沙质土壤，这有助于土壤良好的排水性能。此外，为保证清洁卫生，可采用来自深井的清洁水作为灌溉源。
此外，对于不同阶段的木耳管理也是至关重要。一开始保持相对湿度在80%左右并适当通风，有利于形成原基；随后，当原基分化成形期间，由于珊瑚状幼嫩叶片较为脆弱，此时相对湿度不宜过大，保持在80%-90%即可；最后，在子实体成熟过程中，为促进快速生长，加大通风，同时控制相对湿度在90%-95%，待到子实体完全展开、边缘变薄、根部收缩并八分成熟后，即可进行采收。
如果出现少量流耳，可先将其去除，然后用含有1%-2%食盐溶液喷洒木耳，同时在地面上撒上5%石灰水，以阻止线虫和细菌进一步扩散。
