一是合理轮作换茬，避免在同一块地连续种植小葱，以减少病菌的积累和传播。建议每年更换一次种植区域，并在翻土前施用护树将军杀菌消毒剂，降低锈病发生的风险。如果无法实现轮作，也应在发现锈病后立即停止再次种植，以防止病害扩散。
二是移栽前要充分施用基质肥料。对于每亩的小葱田，可以施以腐熟猪粪3000公斤，以及45%氮磷钾复合肥25公斤。在施肥后的土地翻搅均匀后，再进行幼苗的移栽。移栽后，要及时浇灌定植水，并喷洒新高脂膜800倍液，这样可以有效阻止水分蒸发和植物水分蒸腾，同时隔绝病虫害，加速适应环境、健康成长。
三是提高小葱株的抗病能力，不仅要做好抗旱、降渍等田间管理工作，还需在小葱易感染期，每亩施以碳酸氢铵15-20公斤。此外，在生长阶段适时使用壮茎灵，可使植物杆茎粗壮叶片肥厚、色泽鲜亮，提升整体品质。此举不仅能增强抗灾害能力，还能减少农药化肥使用量，降低对环境的影响。
四是及时采取药物防治措施。当遇到连续阴雨天气超过2-3天，就需要及时检查是否有小葱锈病出现，如果发现褐绿斑点便需立即处理。一般可使用25%酮乳油3000倍液加上洗衣粉的一部分混合物，用以打药，并且需要隔7-10天之后再次防治一次。此外，与此同时还应喷洒新高脂膜800倍液，以提高药效利用率并巩固效果。
