木耳遭遇流耳病时，其受损部分初期呈浅咖啡色，表面粘稠，散发出浓重的腥味，最终导致整个菌丛腐烂。从病因分析，流耳是由线虫、细菌以及原生生物共同作用的结果，其中线虫被视为主要诱发者。对抗流耳的策略包括：
当气温上升时，立即采取降温措施。通过悬挂湿帘喷水降温，以及在夜间打开窗户进行自然通风，以确保温度不超过30℃。在这种温度下，不仅木耳出茧迅速且均匀，同时开片顺利且色泽鲜亮。此外，这样的条件还能一定程度上抑制线虫的繁殖。如果气温超越了30℃，则会促进线虫繁殖，从而加剧流耳的问题。
耳棚地面应具有一定的坡度，并采用沙质土壤作为覆盖物，以便于水分渗透。
水源必须保持清洁卫生，并使用深井中的纯净水作为灌溉用水。
对木耳进行精心管理。在不同生长阶段，对温度、湿度和通风要求各异。在原基形成期，要维持相对湿度大约80%，并适当增加通风。在原基分化期间，当珊瑚状芽体尚未成熟时，可维持相对湿度在80%-90%之间。而在子实体成长阶段，为促进快速生长，可增大通风量，将相对湿度控制在90%-95%之内。当子实体完全展开、边缘变薄至八分熟时，即可开始收割。
当出现少量流耳现象时，首先清除感染区域，然后用含有1%-2%食盐溶液喷洒木耳，同时将5%石灰溶液喷洒在地面上，以防止线虫及细菌进一步扩散。
