在自然环境中，淡水小龙虾养殖技术与粪便堆肥和垃圾堆肥产生的肥料存在显著差异。城市垃圾中的有害物质如重金属等含量可能超标，导致土壤污染，因此对城市垃圾作为有机肥生产原料进行严格控制。而粪便作为原料则不存在此类问题，是非常理想的堆肥材料。
世界上有一些动物的粪便极为珍贵，不仅数量稀少，而且价格昂贵。四种最珍贵的动物粪便包括熊猫粪便、麝香猫屎、复齿鼯鼠粪和抹香鲸粪，这些都被用于制作食用或药用产品。
清道夫，即鲇鱼科的一种鱼类，以吃其他鱼类的排泄物为生。它们体大，头部扁平，背鳍高耸，尾部侧扁，其口唇发达，如同吸盘，用来吸附在石块或玻璃上稳定身体并吸食藻类。在水族箱中常见于弱碱性硬水环境下饲养。
鸟类的粪便通常带有白点，大多数是绦虫成虫残留。大型犬复孔绦虫是一种常见寄生虫，它们通过跳蚤传播感染，而患病的小猫可能表现出肛周瘙痒、腹痛腹泻、呕吐以及腹泻交替发生、大便可见白色米粒状成虫。
鸟类排出的糞便主要是尿酸，这是一种无意识排泄过程，因为鸟类没有膀胱，所以随时都会随地大小便。这意味着鸟儿可能会在任何时候随地排放糞便，即使是在飞行时也是如此。
调查显示，一些白鹭群中的糞便含有毒素，如氰化物等，有毒有害物质含量较高，对地下水造成潜在污染风险。动物糞堆积后经过沼气生成火硝，这一现象利用了沼气燃烧磷化氢产生蓝绿色火光，并且可以用于提供能源或充电。
正确处理动物糞便以进行发酵，可以采用自然发酵或者人工混合方法，将其与玉米粉、豆饼或菜籽饼混合，再添加适当比例的水和发酵剂，然后密封并耐心等待几天直到达到黄绿色，无臭味而略带酒酸味即可收割使用。此外，还需要注意保持适宜温度和湿度，以及密封程度，以确保高效率、高质量地制备出有机肥料。
对于食用菌培养来说，碳氮比(C/N)是一个关键因素，其中碳元素与氮元素之间所需比例不同于不同的菌株及培养条件。在某些情况下，为保证食品安全，我们还需要计算是否需要补充尿素或硫酸铵以调整碳氮比至合适水平，从而促进微生物分解过程并提高营养价值。此外，在农业生产中，也会根据作物类型选择合适的植物残渣作为施入土壤中的基质，以调整土壤碳氮比，使其更加健康均衡。
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