一是合理轮作换茬，避免在同一块地里连续种植小葱，以减少锈病的发生。通常建议每年更换一次田地，并在翻耕时喷施含有杀菌成分的农药，降低病原体的传播。如无法进行轮作，每当发现锈病后务必停止种植，以断绝病源链。
二是移栽前要充分施用基肥。对于每亩的小葱田，应撒上腐熟的猪粪3000公斤，以及45%氮磷钾复合肥25公斤。在施肥后彻底翻土并均匀分布，然后移入幼苗。此外，在移栽之后，要及时浇灌定量水分，并喷洒新高脂膜800倍液，这样可以有效阻止表面水分蒸发和植物内部水分蒸腾，从而隔离病虫害，加速适应环境过程，使小葱健康成长。
三是提升小葱株的抗病能力。除了做好抗旱、防渍等基本管理工作之外，在小葱易感染疾病期间，每亩都应该施用碳酸氢铵15-20公斤。此外，在生长阶段适时喷洒壮茎灵，可以增强植物的主干粗壮、叶片繁茂、色泽鲜艳，同时提高其天然品质与抗灾害能力，减少化肥使用量和残留毒素风险。
四是在观察到连续阴雨2至3天的情况下，就需及时检查是否有小葱锈病症状出现。如果发现褐绿色的斑点在叶片上，就立即采取防治措施。一般来说，可使用25%酮乳油3000倍液配以洗衣粉的一部分，对于7至10天后再次检视是否还有剩余感染情况，再次进行防治，并配合喷洒新高脂膜800倍液来提高药效利用率和持久效果。
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