在自然环境中，粪便堆肥和垃圾堆肥转化成的有机肥料存在显著差异。虽然处理方法和元素含量并非关键，但城市垃圾堆肥中的有害物质，如重金属等，容易超标且可能引起土壤污染，因此其生产受到严格控制。而粪便作为原料，则不存在这些问题，使其成为理想的堆肥来源。
世界上有一些动物的粪便被认为是珍贵资源，其中包括熊猫、麝香猫、复齿鼯鼠和抹香鲸。熊猫的粪便因含有竹子的香味而备受欢迎，被用作香料和纸巾；麝香猫屎则用于制作咖啡，其价格不菲；复齿鼯鼠的粪便是一种中药，有助于活血化瘀；而抹香鲸的粪便，又名龙诞香，是高级 香水的一种原材料，历史上仅限皇家使用。
清道夫，即鲇鱼科的一员，以食用鱼类排泄物为生。它们拥有强大的吸盘，可以附着在石头或玻璃表面，而他们所摄取的是藻类。
鸟类排出的大便往往带有白点，这可能是绦虫成虫的一部分。在自然界中，只有的某些鸟类会随时随地排泄，因为它们没有膀胱。如果这种行为发生在飞行过程中，它们就能减轻体重，从而提高飞行效率。
一些动物如白鹭，其排泄物含有氰化物，这一毒素可以污染地下水。如果不加处理，它们所产生的大气体沼气具有腐蚀性，并且如果与磷化氢相遇，还能燃烧并产生蓝绿色的火光。这一现象现在已被利用以供暖或发电。
为了正确地进行动物粪便发酵，我们可以采用两种方法：自然发酵或者人工发酵。在人工发酵过程中，我们需要注意密封条件、添加适当比例的玉米粉、豆饼等，以及控制温度和时间。当发酵完成后，可以通过粉碎机将其粉碎，再混合其他材料制成颗粒状或粉状有机肥。
碳氮比（C/N）对于食用菌培养至关重要，一般建议在营养生长阶段为20∶1，在子实体分化期为30～40∶1。不恰当的碳氮比会影响食用菌的生长速度甚至停止其发展。此外，了解如何根据不同的材料来补充尿素或硫酸铵也是非常重要的一个方面。例如，如果我们要制作蘑菇培养料，那么需要根据稻草和牛粪中的碳氮比来计算所需补充尿素或硫酸铜之量。此外，对于农业来说，合适的地球盐比也很关键，因为它能够帮助微生物更有效地分解土壤中的有机质。不过，如果地球盐比过高，它就会抑制根部生长，同时促进茎叶生长。
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