在进行羊养殖时，确保场地的卫生和消毒是非常重要的。首先，对于羊舍本身来说，不仅要保持干燥、通风、冬暖夏凉，还需要定期进行消毒。一般而言，这个过程可以分为两步：第一步是清扫，第二步则是使用消毒剂。在正常情况下，每周至少进行一次消毒，用氢氧化钠或百毒杀等药物处理整个羊舍。
其次，在进入羊场时，要通过设立专门的消毒室来实现对所有人员和车辆的有效隔离。这个房间内应配备紫外线灯，并且有一个装有4%氢氧化钠溶液的地面池，以便入场者更换鞋子并穿上工作服。此外，大门附近也应设置喷洒4%氢氧化钠溶液或3%过氧乙酸等药水的设备，以确保每一辆车都能得到适当的消毒。
对于饲槽和其他使用工具，也必须经常清洗并用清水刷洗以去除任何药味。此外，如果有密闭空间，可以在没有羊的情况下关闭窗户，将福尔马林用于熏蒸12-24小时后再打开窗户通风。这种方法可用来大规模灭菌空间，而不影响日常运作。
另外，产房在生产前后以及高峰期需特别注意多次消毒，同时在病态或者隔离区域也要采取措施防止病原体扩散，如放置浸泡了4%氢氧化钠溶液的小袋或草垫作为屏障。
在地面上的土壤表面，可采用10%漂白粉溶液、4%福尔马林或10%氢氧化钠解决问题。而对于那些可能携带芽胞杆菌所致传染病（如炭疽）的动物尸体的地方，则需要特别小心加以处理，首先喷洒漂白粉，然后挖开30厘米厚的地层混合干漂白粉后妥善处置。
至于粪便，它们可以通过生物热法进行处理，即将它们堆积起来让自然发酵直至超过30天才能作为肥料利用。这是一个既环保又实用的方法。
最后，对于污水最简单直接的做法就是引入到处理池中加入化学药品（如漂白粉）进行灭活，用量根据污水多少决定，一般1升污水可加入2-5克漂白粉即可完成灭活过程。
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