芸豆畸形的原因多种多样，其中之一是芸豆对某些药物极为敏感，如代森锰锌、代森锌或乙霉威类药物过量使用，容易导致荚果弯曲。此外，芸豆对杀毒矾和铜制剂等也非常敏感，一旦接触会造成严重的药害，使荚果出现畸形。除此之外，缺乏硼也是一大问题，这会影响花朵坐荚，使得花朵长出弯曲的荚果。
解决这些问题的一种方法是在植物生长前施用含有速乐硼的溶液来补充硼元素。同时，保持合适的温度也是至关重要的，如果温度过高或过低，都会影响植物正常生长，使得花朵无法正常坐荚。
土壤湿度也是一个需要注意的问题，大棚中的土壤如果太干或者太湿，都可能导致根系受损，从而影响植物健康并导致畸形。在浇水时应根据土壤墒情进行调整，以免造成沤根伤根。
另外，不当使用农药也是一个常见的问题，有些菜农可能会滥用农药如矮壮素、苯醚甲环唑等，这些都会引起植物生长异常，最终导致产品质量下降。如果不慎喷洒萘乙酸防落 荚，也同样可能造成荚果变形。
最后，还有一点要注意的是化肥施用量宜适中，不可过度施肥，因为这会使土壤溶液浓度升高，对于已经开始生长的大株来说，每亩地每年最好只施以15到30公斤腐殖酸类肥料来补充营养，而对于盐碱地，则应当采用无土栽培方式避免直接接触盐碱地，以保护根系健康。
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