芸豆畸形的原因有多种，主要包括以下几点：
一是药物滥用：芸豆对一些农药如代森锰锌、代森锌或乙霉威类敏感，一旦使用过量，不仅可能导致荚果弯曲，还会影响整株植物的健康。另外，它们对杀毒矾和铜制剂也极为敏感，这些不当使用的农药可能引起严重的药害，造成荚果畸形甚至落叶落荚。
二是缺乏硼素：硼素对于植物生长至关重要，而芸豆尤其需要硼素来促进坐荚。如果土壤中硼素含量不足，花朵即使开出，也难以形成完整的荚果，或许还会出现弯曲的问题。解决这个问题的一种方法是在植株开始发芽前施用1200倍速乐硼溶液。
三是温度异常：芸豆最适宜在白天23℃~25℃、夜间18℃之间生长，如果环境温度高于30℃或低于20℃，都会影响其正常生长，最终导致坐荚失败。此外，在花期特别是在中午时分，要密切观察大棚内温度，并采取措施保持合适的温室条件。
四是土壤湿度不当：如果大棚内土壤过于干燥或积水太多，都容易造成刚刚坐住的小荚果出现弯曲。这通常与根系受伤有关，因为过度干旱或积水会损害根部，使得植物变得虚弱，从而影响开花和坐荚。因此，浇水应根据实际土壤状况进行，不要进行盲目的大水漫灌，以免造成更大的损害。
五是肥料使用失衡：有些菜农为了促进植物迅速成熟，对那些未能及时坐住的小茎喷施了过量的矮化剂或者其他类似的成长促进剂，如苯醛甲环唑等，这些物质虽然能够加速成熟，但也可能导致小茎变形成为弯勾状。此外，有些菜农在防止落叶的情况下，由于萘乙酸浓度超标，也可能造成同样的问题。因此，无论何时喷洒这些化学品，都必须严格按照说明书上的指示配制并使用，以避免过量带来的负面效果。
六最后一点，是关于肥料浓度的问题。在施用化肥过程中，如果数量超过了推荐标准，或是在盐碱性土壤上栽培，那么这两者都会增加因土地条件引起小茎畸形的风险。为了解决这一问题，可以减少化肥投入，并且改用腐殖酸类肥料补充营养。当小茎达到3-4厘米长度后，每亩地可以再次施加15-30公斤腐殖酸类肥料来提供额外营养，同时确保不要因为施用的化肥使得土壤中的溶液浓度升高，从而进一步破坏小茎结构。而对于盐碱性地块，更好的选择就是采用无土栽培技术，以保护根系免受直接接触所产生的地理压力和化学污染。
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