在亚麻的生长周期中，每生产出1克干物质，植物就消耗掉400至430克的水分。种子萌发时需要吸收自身质量107到155%的水分，从出苗到开花期间，如果土壤持水量低于40%，就会对亚麻造成旱害，这对麻茎和纤维影响极大，尤其是在快速生长期到末花期这个敏感阶段。冬季亚麻更是处于冬春干旱少雨季节，因此，在播种后2天内、枞型期、快速生长期、开花期和成熟期，要根据土壤湿度和亚麻生长状况进行人工灌溉，以保持土壤田间持水量在65-75%之间。如果遇到特别严重的干旱年份，还要及时做好抗旱减灾工作，实现保收。
在有条件的地方，可以提前进行沟渠灌溉保护苗，使水流入沟渠并达到沟深的两-thirds，让水缓慢渗透到田埂上，并避免淹没或漫泛过度灌溉，同时结合施肥。对于中度干旱区块，可以通过喷施黄腐酸（又名抗旱剂1号）来减少蒸发、增加绿叶面积、增强植株抗逆能力。在没有引水条件下的田块，应在阴天或下午阳光较弱时，用0.3%尿素、0.3%磷酸二氢钾和0.2%硼砂混合液喷洒2-3次，每隔5-7天一次，以补充营养增强植株抵抗力。
当亚麻面临干旱时，它们可能会变得更加脆弱且易受病虫害侵袭。在这种情况下，加强防治措施至关重要，如白粉病可使用40%福星乳油8000-10000倍液或者50%粉锈清悬浮剂800倍液进行喷雾防治，每次间隔7-10天连续喷涂2-3次；而如粘虫、小麦夜蛾等主要虫害，可选择敌杀死或者功夫等菊酯类或有机磷类杀虫剂，在幼虫2-3龄期间进行喷雾防治。
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