为了确保茄子种植的健康成长，首先要选择无病毒的种子。若种子感染了病菌，可以采取三种不同的处理方法来消毒：一种是在室温下预浸2至3小时后，将种子放入55摄氏度的热水中浸泡15分钟或者50摄氏度的热水中浸泡30分钟，然后迅速将其移入冷水中冷却，最终晾干以备播种或催芽。另一种是使用40%福尔马林溶液进行300倍稀释，进行15分钟的浸泡，再洗净后播种，这个方法也有一定的效果。第三种则是混合50%苯菌灵和50%福美双粉剂与土壤相结合，用量为每100公斤土壤重0.1%，拌匀后用于播種。
在苗床上，对于旧有的苗床来说，要对土壤进行消毒处理，用50%多菌灵粉剂每平方米加入10克，与土一起充分拌匀，然后再次播種或移植植物。另外，也可以使用50%福美双粉剂5克与10到15公斤细土混合，拌匀后，将其中的一部分药泥撒在苗床内，而剩余部分作为覆盖层用。
加强栽培管理也是防治褐纹病的一个关键环节。一旦发现有病叶或病果，就要及时摘除，并且在收获结束之后彻底清理所有栽培设施。在疾病初期，可喷洒含有50%扑海因或50%苯菌灵的防治液，每次间隔7到10天连续施用两到三次，以达到最佳防控效果。
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