为了确保无病种子的质量，种子处理是防止褐纹病的首要步骤。有三种常见方法可以进行种子消毒：一是将种子浸泡在温水中，先在室温下预浸2至3小时，然后在55摄氏度的水中浸泡15分钟或50摄氏度的水中浸泡30分钟，最终迅速转移到冷水中冷却，再晾干后播种或促进芽生长；二是在40%福尔马林溶液300倍稀释液中浸泡15分钟，洗净后播种，这个方法效果显著；三是混合50%苯菌灵和50%福美双可湿性粉剂各1份与泥土3份混合，用此配方拌入每100克重量中的0.1%，这样可以有效控制褐纹病。
对于苗床土壤的消毒，如果使用的是旧苗床，可以加入每平方米10克50%多菌灵可湿性粉剂，与土一起拌匀，然后播种或者移植苗木。另外，也可以用5克50%福美双可湿性粉剂加入10到15公斤细土，并且将其分成三部分，一部分撒在地面上，一部分作为覆盖用的肥料。这有助于保持整体环境卫生，加强栽培管理也同样重要。早期应及时摘除带有疾病的叶片和果实。在收获之后，要彻底清理棚内外环境。如果发现初期症状，可喷施含有扑海因或苯菌灵等药物的溶液，每隔7到10天再次防治两到三次，以达到最佳效果。
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