木耳遭遇流耳病时，其受损部分初期呈浅黄至咖啡色，表面粘稠，散发恶臭气息，最终导致整个菌丛腐烂。从病因分析，流耳是由线虫、细菌和原生生物共同作用的结果，其中线虫为主要诱因。对抗流耳的策略如下：
在温度上升之际，及时采取降温措施，如挂湿帘、喷水降温以及夜间开窗通风，以维持环境温度不超过30℃。在这种条件下，不仅木耳出芽迅速且均匀，而且色泽鲜明，同时也能抑制线虫的繁殖；然而，当温度超越30℃时，线虫会加速繁殖，使得流耳问题更易发生。
耳朵栽培场地应具有一定的坡度，并以沙质土壤为宜，以便于水分的渗透。
保证水源清洁卫生，用深井清洁无污染的地下水作为灌溉物最为理想。
管理木耳需要精心照料。在不同生长阶段，对温度、湿度和通风要求各异。在原始基形成期间保持相对湿度80%左右并适当通风；在原始基分化形成期间，即珊瑚状幼芽成熟阶段，不要过度干燥，而保持相对湿度在80%-90%之间；待子实体成熟后，要增加通风以促进快速生长，并控制相对湿度在90%-95%之间。当子实体完全展开并边缘变薄、根部收缩达到八分成熟时进行采摘。
对于轻微程度的小规模流耳，可以首先去除感染区域，然后使用含有1%-2%食盐浓溶液喷洒木耳，同时在地面上撒布含有5%石灰粉的液体，以防止线虫与细菌进一步扩散。
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