随着人们对蔬菜安全的呼声越来越高，具有高效、安全、无污染等特点的微生物农药更多的被应用到蔬菜生产中。微生物农药按照其成分和来源可分为微生物农药和微生物代谢产物农药，前者包括细菌、真菌、线虫、病毒及拮抗微生物等，后者包括农用抗生素、植物生长调节剂等。按照防治对象可分为杀虫剂、杀菌剂、除草剂、杀线剂、植物生长调节剂等。
细菌类
当前细菌类的生物农药应用较广，除少量叶面喷施以外，大部分用于处理土壤，应对土传病害的发生。主要有：苏云金杆菌、枯草芽孢杆菌、蜡质芽孢杆菌等。
苏云金杆菌，简称Bt，是包括许多变种的一类产晶体芽孢杆菌。该杆菌可做微生物源低毒杀虫剂，用于防治直翅目、鞘翅目、双翅目、膜翅目，特别是鳞翅目的多种害虫。如菜青虫、小菜蛾、甜蛾、斜纹夜蛾、甘蓝夜蛾、烟青虫、玉米螟、稻纵卷叶螟、二化螟。
枯草芽孢杆菌可防治多种土传病害，根部施用或拌种可防治镰刀菌、曲霉菌、链格孢属、丝核菌属引起的土传病害，叶面喷施可防治白粉病、霜霉病、疫病、灰霉病等。
蜡质芽孢杆菌主要应用于防治土壤传播的细菌性病害，如姜瘟病、茄子青枯病、辣椒青枯病等。
真菌类
真菌类的生物农药主要用于叶面喷施，防治真菌类病害和防治虫害的发生。主要有：木霉菌、淡紫拟青霉、白僵菌、绿僵菌等。
木霉菌对于立枯丝核菌、镰刀菌、灰葡萄孢菌、黑根霉和柱孢霉等病原菌引起的植物病害有防治作用。
淡紫拟青霉属于内寄生性真菌，是一些植物寄生线虫的重要天敌，能够寄生于卵，也能侵染幼虫和雌虫，可明显减轻多种作物根结线虫、胞囊线虫、茎线虫等植物线虫病的危害。
白僵菌生物防治领域起了很大作用，占病原真菌1/5，它是世界上用以防治害虫面积最大的真菌之一，对防治鞘翅目的害虫特別有效。它可以侵害蚜虫、白粉虱、蛴螬、草地螟、家蝇、介壳虫、蓟马、蟑螂、蝗虫、蚱蜢、蟋蟀、棉铃虫。
绿僵菌是一种广谱的昆虫病原菌，在国外应用其防治害虫的面积超过了白僵菌，防治效果可与白僵菌媲美。
病毒类
主要防治各类害虫，通过棚内害虫的取食，导致死亡。主要有：斜纹夜蛾核型多角体病毒、甜菜夜蛾核型多角体病毒、菜青虫颗粒体病毒、苜蓿银纹夜蛾核型多角体病毒、棉铃虫核型多角体病毒、茶尺蠖核型多角体病毒、松毛虫质型多角体病毒、油尺蠖核型多角体病毒等。
核形多角体病毒。喷在植物上，被昆虫取食后，经胃液消化，游离出棒状病毒粒子，通过胃(肠)皮细胞进入体腔，在昆虫细胞核内复制增殖，感染病毒的昆虫约10天左右即可死亡。如斜纹夜蛾核型多角体病毒可用于防治十字花科蔬菜等多种作物斜纹夜蛾。
质形多角体病毒。喷在植物上，被昆虫取食后，在昆虫的细胞质内形成圆形病毒粒子，被感染的昆虫，约10—20天死亡。
颗粒病毒。喷在植物上，被昆虫食后，约4—5天死亡。如小菜蛾颗粒体病毒可用于防治十字花科蔬菜小菜蛾。
微生物代谢物
微生物代谢物类的生物农药在农业生产中应用广泛，杀虫剂、杀菌剂以及提高植株抗逆性的叶面肥都有应用。主要有：阿维菌素、氨基寡糖素、菇类蛋白多糖、多抗霉素、井冈霉素、嘧啶核苷类抗菌素、宁南霉素、浏阳霉素等。
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