相对于其他疾患，消化道疾病的治疗药物众多，效果应较明显。可是有时临床用药，效果并不尽如人意，究其原因，还是未掌握以下消化道疾病治疗原则。
一、去除致病条件
治疗消化道感染的前提是排除致病条件，否则，投喂任何药物也无能为力。治疗各类消化道疾病需排除的条件是：
(1)大肠杆菌病：各类应激因素，尤其是病毒性呼吸道病；
(2)沙门氏菌病：垂直传播因素，育雏时温度太低，忽冷忽热；
(3)巴氏杆菌病（禽霍乱）：鸡舍温度高、氨气浓度高；
(4)弯曲杆菌病：夏季鸡舍温度高、不通风，氨气浓度高；
(5)坏死性肠炎、溃疡性肠炎、肠毒综合征：小肠球虫病。
二、必须对症用药
市售抗菌药物，药物作用机理、药动学中吸收率、体内分布、半衰期长短、时间依赖还是浓度依赖，等等，差别很大。治疗消化道疾病，必须选对药物，否则事倍而功半。
(1)急性败血性消化道细菌性疾病，感染的病原体已进入血液或体液中，必须用吸收率高、组织浓度高的药物，如：
喹诺酮类诺氟沙星、氧氟沙星、恩诺沙星、酰胺醇类的氟苯尼考、可口服吸收的头孢拉定等。
口服不吸收的抗菌药物必要时可以注射给药，否则，使用肠道不吸收药物再多也无效。
(2)亚急性消化道细菌病治疗，亚急性消化道细菌病多表现为心包炎、肝周炎，机体免疫系统已发挥清除作用，此时用药是协助机体免疫系统的清除作用。
可以选择的药物较多，可以是肠道不吸收的氨基糖甙类抗生素一安普霉素、新霉素、阿米卡星，也可以选择吸收率较高的阿莫西林、土霉素等。
(3)继发大肠杆菌病，多发生在新城疫、低致病力禽流感等传染病之后，药物防控住此病，能减少伤亡率。
前期应投喂肠道吸收率高的药物，后期可以改换吸收率低或不吸收的药物，病愈后须投喂em制剂，帮助肠道恢复菌群平衡。
三、药敏试验结果可作为参考，但不能完全依赖
药敏试验结果投药有的药物在体外药敏试验对细菌表现敏感，但使用之后，效果却不理想。有的药物体外药敏试验低敏，使用效果却较理想。
这是因为药敏试验是在体外培养皿中进行，其条件与体内完全不同，口服吸收率不高的药物，药敏试验往往高敏，但血液、体液药物浓度低，对病原体无效，不足为奇。
当然，药敏试验是要做的，结果只能作为参考，具体投药要心中有数。
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