芸豆畸形的原因多种多样，其中之一是芸豆对某些药物极为敏感，如代森锰锌、代森锌或乙霉威类药物过量使用，容易导致荚果弯曲。此外，芸豆对杀毒矾和铜制剂也非常敏感，一旦接触，便可能引起药害，造成荚果畸形。土壤中的硼元素缺乏同样会影响芸豆的生长，使其难以坐荚，即使坐住了，也容易出现大花小荚的情况。
气候条件也是一个重要因素，芸豆生长需要适宜的温度环境，如果白天温度低于20℃或高于30℃，都会影响到坐荚过程。因此，在花期中午时必须密切监控棚内温度，并采取措施调节，以确保温室环境适宜。
土壤湿度也是一大考验，大棚内如果干旱或者积水过多，都有可能导致刚刚开始坐住的荚果出现弯勾。这通常是因为根系受到了伤害，从而影响了整个植株的健康和开花能力，因此浇水时需根据土壤墒情进行调整，不可滥施水分。
此外，还有一些农户在促进植物生长时使用了过量的化学肥料，比如矮壮素、苯醚甲环唑等，这些都会增加艺术种子产生畸形风险。甚至在防止落叶落荚方面，如果萘乙酸浓度过高，也可能造成不良后果，因此喷施这些化合物时必须遵循正确配方和操作流程。
最后，不当施用化肥同样会导致问题，因为盐碱性地带可以使得土壤溶液变得异常强烈，对植物生命体有严重破坏作用。在解决这个问题上，可以通过减少化肥使用量来缓解，而是采用腐殖酸类肥料来补充营养，同时对于盐碱地来说，无土栽培是个更好的选择，以避免直接接触有害成分并保护根系健康发展。
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