在广东中药材种植基地，三七的栽培过程中，面临着多种病虫害的威胁。首先是立枯病，它通常在4到5月高湿低温季节发生，主要危害幼苗基部。如果不及时处理，会导致种子、种芽发黑腐烂，以及幼苗折断死亡。防治方法包括使用70%敌克松可湿性粉剂500至800倍液进行灌根和喷雾。
接着是炭疽病，这种病菌能够感染叶、叶柄、茎、花以及果实。在幼苗阶段，其基部会出现梭形红褐色斑或长条形环绕凹陷缢缩斑，使得幼苗折断倒伏。此外，还可能造成叶片上生灰绿色孢子堆，并最终破裂穿孔。茎和叶柄也会受到影响，产生黄褐色溃疡斑导致扭曲和盘曲。果实被害后则形成圆形或不规则形浅凹陷斑，最终腐烂。在这种情况下，可以用50%多菌灵可湿性粉剂800至1000倍液或者75%甲基托布津可湿性粉剂1000倍液进行防治。
另外还有根腐病，它通常在6到8月雨季发生，对于年限较长的植物来说发病更为严重。当侧根开始腐烂并延伸到主根时，就可能引起整个植物的枯死。这时候可以使用58%瑞毒霉可湿性粉剂或50%多菌灵可湿性粉剂300至500倍液来进行灌根治疗。
疫病则常见于潮湿环境中，尤其是在荫棚过密且气候潮 湿的时候。在早期它表现为暗绿色的不规则形状的斑点，最终变成软腐和下垂，并且有时粘附在茎秆上。为了预防，可以降低田间管理中的温 湿度，同时清除残体并集中焚烧；如果需要的话，可以使用65%代森锌可湿性粉剂500倍液进行喷洒。
除了这些疾病之外，还有一些昆虫，如蚜虫，它们通过吸取汁液使得叶片皱缩，从而影响整株植物的生长。而防治方法包括使用莫比朗1500倍液或者抗蚜威2000倍液对其进行喷洒。
另一种危害的是红蜘蛛，它们以群集形式吸取汁液，使得植株变黄萎蔫甚至脱落，其中以6到10月份危害最为严重。此类问题可以通过3月底以后每7天一次地喷施波美度石硫合剂来解决，也可以在6-7月期间应用尼索朗2000-4000倍液以加强保护效果。
最后还有一种名为蚧壳虫的小型昆虫，这些小生物从地面爬向茎秆，在那里它们吸食植物汁水，被感染后的植株将无法正常生长，小花也会萎黄，最终干枯掉落。但是，如果发现了这些小动物，可以手动捏死它们；对于大规模爆发的情况，则应该按照40%速扑杀1000-2000倍量或者25%优乐得1000-2000倍量进行喷雾，以有效控制这类危险生物。
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