在自然环境中，粪便堆肥和垃圾堆肥产生的有机肥料之间存在一些差异。首先，这两种堆肥的处理方法和元素含量可能会有所不同，但关键在于城市垃圾堆肥中的污染物，如重金属等，容易超标且可能导致土壤污染。这使得利用城市垃圾作为有机肥料的生产原料受到严格限制，而粪便作为原料则不存在这样的问题，因此它是一种非常好的堆肥材料。
其次，有些动物的粪便被认为是非常珍贵的资源，其中包括熊猫、麝香猫、复齿鼯鼠以及抹香鲸等。这些动物的粪便不仅稀少，而且价格昂贵，还能用作美食或药材。在某些情况下，这些动物的粪便甚至比它们本身更值钱。
再者，一些鸟类如白鹭，其排泄物中含有的氰化物等有毒成分可能对环境造成影响。此外，沼气是一种由杂草、树叶和动物粪便发酵产生的一种气体，它可以燃烧并产生火光，这一点在大自然中是很常见且重要的一部分。
最后，在农业领域，碳氮比（C/N）是一个重要概念，它指的是食用菌培养料中碳源与氮源比例。适当调整碳氮比可以促进微生物生长，并帮助改善土壤质量。不过，如果没有正确计算和补充足够多的人工添加剂，如尿素或硫酸铵，就无法获得理想的碳氮比，从而影响到食用菌生长速度和产量。
