在羊场中，建立一个有效的消毒制度至关重要。每隔一段时间，就应该对所有的设施、土壤、粪便、污水以及羊毛进行彻底的消毒。以下是具体实施该计划的一些步骤和建议。
首先，对于羊舍本身来说，除了保持干燥、通风和适宜的温度之外，还需要定期进行消毒。这通常分为两个阶段：首先清理掉任何杂物，然后使用专用的消毒剂进行喷洒。每周至少要进行一次全面的消毒工作，用2-4%氢氧化钠或1:1800-3000比例的百毒杀来完成这一任务。
其次，在进入羊场时，要经过一个专门设立的消毒室。在这个房间里，墙壁和天花板上会安装紫外线灯，而地面则有浸泡着4%氢氧化钠溶液的小袋子或者草垫。在这里，进出的人员都必须换上新的鞋子穿上专用服装，并且登记一下自己的身份。此外，大门附近还有车辆通过的地方，也要设置有喷洒4%氢氧化钠溶液或3%过氧乙酸等化学药品，以确保所有进入场地的人员和物品都被彻底清洁。
在执行这些措施时，可以使用喷雾器将消毒剂均匀地涂抹到所有可见区域，然后打开窗户以促进空气流通，并用清水冲洗饲料槽及其他工具，以去除任何残留下的药味。如果某个区域特别封闭，没有放置羊只的情况下，可以采取福尔马林熏蒸方法，即将25-50毫升福尔马林与同量水混合加热，使其蒸发12小时以上，再通风24小时后才能开放，这样可以达到更深层次的地面净化效果。在一般情况下，每周至少进行一次全面性质的大规模灭菌，每年还需再做两次更为严格的大型整体处理。
对于产房来说，其特殊性决定了它需要更加频繁而细致的管理。在羔羊产后的前一段时间内应至少进行一次大规模减少病原体传播的手续；在高峰期（即大量羔羊同时出生）的时候，则可能需要多次这样的操作；产后结束之后再有一次全面检查。而那些因为感染而被隔离起来的地方，以及它们所接触到的入口处，都应该安放一些含有4%氢氧化钠溶液的小袋子或草垫，以防止病原体扩散出去。
对于土壤表面上的污染，可用10%漂白粉溶液、4%福尔马林或者10%氢氧化钠来解决问题。如果是在处理那些携带芽胞杆菌并导致炭疽这种疾病病情严重（如牛瘟）的地点，那么就必须采用更加激烈的手法，比如掘开30厘米厚度的地面，将表层与干燥漂白粉混合后运走并妥善处理以避免扩散给其他地方。
对待粪便的问题，最直接有效的一个方法是生物热转移法，即把积聚好的粪便堆放在距动物圈100至200米远的地方，一旦覆盖湿泥并让其自然发酵半年以上，便可作为肥料利用，无害于环境与人类健康。
最后，对于污水也是一样的，我们可以引入处理池，将其中加入适量化学药品（比如漂白粉或类似的氯制剂），按照实际情况调整添加量，一般每升污水加2至5克漂白粉即可实现目的。
