在羊场中，建立一个切实可行的消毒制度至关重要。每隔一段时间，就应该对羊舍（包括所有用具）和地面、土壤、粪便、污水以及皮毛等进行彻底的消毒。
首先，要确保羊舍保持干燥、通风，并且冬天温暖，夏天凉爽。此外，还需要定期进行两步骤的消毒工作：第一步是机械清扫；第二步是使用消毒液。在平时，每周都应该至少对整个羊舍进行一次消毒，用2-4%氢氧化钠或1:1800-3000百毒杀来清除病原体。
其次，对于进入羊场的人员来说，应当设立专门的消毒室。在这种房间里，应安装紫外线灯，并在地面上设置含有4%氢氧化钠溶液的池塘。入场人员必须换掉鞋子并穿上专用的工作服，然后登记。对于车辆出入口，也要设置喷洒4%氢氧化钠溶液或3%过氧乙酸等的设备。一旦开始消毒过程，可以将所需药剂倒入喷雾器中，对墙壁、地板进行喷洒，然后打开窗户，让空气流通，以去除药味。此外，还要用清水洗刷饲料槽和其他物品，以移除任何残留下来的化学成分。如果屋内没有羊或者不需要人手操作，可以关闭门窗，将福尔马林蒸发12-24小时后，再开启门窗让空气流通24小时。每次使用25-50毫升福尔马林加热蒸发，每立方米空间。
通常情况下，对于普通羊舍，每周都会有一次小规模的消毒。而一年之内还会再有两次大规模的地毯式清洁。在产羔期间，更频繁地对产房进行特殊处理，一般在产羔前做一次，在高峰期多做几次，再在结束后的一次作最后处理。此外，在隔离区域或疑似病害区域，如病情严重时，都应该放置带有浸泡了4%氢氧化钠溶液的小麻袋片或草垫，以防止传染性疾病扩散。
关于土壤表面的处理，可使用10%漂白粉溶液、中度强力的100倍量福尔马林甚至更强烈的是10%氢氧化钠溶液来达到效果。如果是在与芽胞杆菌相关传染性疾病（如炭疽）的地点，那么就必须采取更为严格的手法来处理。不仅要先用以上提到的漂白粉解决方案喷洒到表层土壤，而且还要将这层土壤挖掘30厘米左右深度，将其混合干燥后的漂白粉一起运走并妥善埋葬以免进一步扩散危险因素。
对于粪便，这种最有效但也可能耗费更多资源的手段之一就是生物热解法，即把这些排泄物堆积起来形成一个独特的地方，将它们浇湿然后覆盖湿泥封住，不断堆肥直到经过至少30天以上，这样可以转变成为肥料而不会再造成污染问题。
最后，无论如何都不能忽视那些产生污水的问题，最常见也是最简单有效的手段就是引导这些废弃物流向一个特别设计好的容器中加入适量合适类型化学药品，如漂白粉或者其他含氯制剂根据具体情况调整比例，一般每升污水用2至5克漂白粉即可完成此任务。
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